Très étrange en effet...
Première chose, même si ça n'explique pas tout, ta version de Logic commence à dater, nous en sommes à la 10.2.4 et pas mal de bugs ont été corrigés depuis la 10.1.0.
Voilà ce que je ferais pour tenter de comprendre et donc de résoudre le problème.
Ouvre un projet tout neuf. Enregistre deux pistes différentes et sélectionne les, l'une après l'autre ( avec " la partition défilante " ( piano Roll ) ouverte ) et vois si le problème est toujours là.
Tiens nous au courant après ton test