Ah ok, je capte ton truc ! Ce n'est que visuel ça. Quand le rec est fini, tu auras bien un fichier stéréo, ne te fait pas de soucis ! De mémoire, Logic 9 affiche les fichiers stéréo comme un fichier mono (une seule wave form) sachant que la moitié haute représente le canal gauche et la moitié basse celui de droite.
Un petit tour dans le chutier audio te confirmera tout ça.